Négy alfaj
A csimpánzok a nagymajom családba és a Pan nemzetségbe tartoznak. A Pan nemzetség két faját tartalmazza: a közönséges csimpánzt és a bonobót. Néhány tudós (pl. Jared Diamond) az embert harmadik fajnak sorolná, míg a Természetvédelmi Unió (IUCN) négy regionális alfaj elismerését követeli a közönséges csimpánzra.
Keleti csimpánz
Uganda és a Közép-afrikai Köztársaság tövis erdőiben és bozótos szavannáiban él. Tudományos név: Pan troglodytes schweinfurthii. Hosszú bajusz és testszőr, fejlett korban bronz/copper színe a kézfejek, lábak tala. A nagymajomok között könnyűsúlyú, a legkisebb alfaj.
Középső csimpánz
Pan troglodytes troglodytes, néha fekete orrú csimpánznak hívják. Fiatalok pál fejekkel és fülekkel születnek, de elsötétödnek. Felnőtt: fekete bőr az arcon, kézen, lábon. Élőhely: Egyenlítői-Guinea, Angolia, Kamerun esőerdői.
Nigeriai csimpánz
Nyugat-Afrika partján küzd a fennmaradásért. Erdőirtás és mezőgazdasági terjeszkedés pusztítja el az élőhelyét. Az IUCN figyelmeztet: évről évre közelebb kerül a kirobbanáshoz. 2006-ban 6500 egyedet becsülték. Csak Nigeriában és Kamerunban él. Tudományos név: Pan troglodytes ellioti.
Nyugati csimpánz
Nyugat-Afrikának kilenc országában virágzik. Pan troglodytes verus, maszkos vagy pâle orrú csimpánz. Sokkal pálább az arca, mint más alfajé.
Bonobó
Kizárólag a Kongo Demokratikus Köztársaságban él, a Kongo folyó déli részén, párás mocsarakban és nedves erdőkben. Pan paniscus. Közelebbi rokona a közönséges csimpánznak. Hasonló méret, de kisebb fülek, fogak, vékonyabb testszerkezet, hosszú finom szőr. Nem hullik ki a szőrük öregedéskor, ellentétben a közönséges csimpánzzal.