Minnesota, a természeti élőhelyek hatalmas területtel, számos emlősfaj otthona. A sok faj közül hat a mókus (sciuridae) családjába tartozik. A család három fő testtípusból áll: repülő mókusok, földmókusok és fámókusok. A mókusok a világ mindenütt megtalálhatók, kivéve Austráliát és a dél-amerikai szélsőségeket.
Repülő mókusok
Minnesota az északi és déli repülő mókusok otthona, mindkettő hasonlón néz ki. A déli faj kb. 23 cm (9 hüvelyk) hosszú és 57 g (2 oz) súlyú. Az északi kicsit nagyobb, 28 cm (11 hüvelyk) hosszú és 85 g (3 oz) súlyú. Mindkét faj olajbarna szőrzettel, világos hasával és nagy, sötét szemmel rendelkezik. Ezek az egyetlen éjszakai mókusfajok az államban.
Vörös mókus (Fox Squirrel)
A vörös mókus Minnesota legnagyobb mókusfaja. 86 cm (34 hüvelyk) hosszú az orrtól a farokig, és akár 1,36 kg (3 font) súlyú. Narancszürke vagy sötét narancs szőrzete van, hosszú, füles farokkal. Az államban szinte bármilyen erdős területen megtalálható, és ügyes mászó.
Keleti szürke mókus
A keleti szürke mókus az államban legelterjedtebb mókusfajak egyike. 51 cm (20 hüvelyk) hosszú, és akár 680 g (1,5 font) súlyú. Ahogy a név utal rá, főleg szürke színe, barnafehér vagy fehér has. Egyes egyédek fehér vagy fekete színekben is fordulhatnak elő. A keleti szürke mókus szinte mindenhol megfigyelhető, ahol fák vannak Minnesotában.
Vörösmókus (Red Squirrel)
A vörösmókus, más néven fenyőmókus, az állam legkisebb fámókusfaja. 46 cm (18 hüvelyk) hosszú orrtól farokig, és akár 255 g (9 oz) súlyú. Rozsdavörös színe, világos fehér-szürke has. Nyáron szürkesebb a színe, mint télen. Az államban szinte mindenhol él, kivéve a délnyugati részt.
13 csíkos földmókus
A 13 csíkos földmókus kis őshonos faj. 28 cm (11 hüvelyk) hosszú, és akár 255 g (9 oz) súlyú. Sárga barna színe, hosszu fekete-fehér csíkok a test hossza mentén. A Minnesotai síkságok fűves síkjaiban él, kivéve az éseaki részt.