A chihuahua általában egészséges, kemény fajta. Teljes növekedésben 6 fontnál (2,7 kg) kevesebb, a vállmagasság 15-23 cm. Kevés komoly egészségügyi problémájuk van. De némelyek genetikai rendellenességgel születnek, ami fizikai problémákat okoz.
Patella luxatio (kapcsolócsont kikelése)
Öröklött rendellenesség, ami a chihuahua és sok kis/játékfajtát érinti. A kapcsolócsont egy gödörbe illeszkedik a láb frontális részén, és fel-le csúszik a mozgástól függően. Elcsúszhat (luxál) a gödörből. A betegek nehézkesen járnak: ugrálnak, kimenekülnek a terheléstől. Arthritis kockázat. A legtöbb nem igényel kezelést. Súlyos esetekben: súlykezelés, gyulladáscsökkentő, műtét.
Glaucoma (zöldhályog)
Az öröklött kutyabetegségek adatbázisa szerint a chihuahua hajlamos a goniodysgenesis glaucoma-ra, fájdalmas, vaksághoz vezető állapot. Rendellenes szövet a szemben, ahol a kifolyás normálisan történik. A folyadék nyomás növeli a belső nyomást, károsítja a retinát és az optikus ideget. Diagnosztika: tonométer a belső nyomás mérésére. Magas nyomás -> glaucoma. Kezelés: gyógyszer és műtét kombináció.
Hydrocephalus (víz aagyban)
Chihuahua kölykök偶尔出生时患有hydrocephalus。重度病例多为死胎或出生后不久死亡。无治愈方法。症状：异常大的头，向外凝视的眼睛，身心发育迟缓。轻度症状可用prednisone和lasix控制。
Mitrális zsirendellenesség
Genetikai szívbetegség. A bal szívfül és kamra közötti mitrális zsir nem pumpálja helyesen a vérét. A vér visszafolyik. Korai tünetek: légzési nehézség, köhögés, nem tud hosszú ideig edzeni. Később: gyengeség, elájulás. Szívélégtelenségbe fuldoklik. Alacsony nátrium diéta, minimális mozgás, gyógyszer az élet meghosszabbítására.