Tiszta fajták genetikai kockázatai
A tiszta fajták sokkal szűkebb génállományról származnak, mint a keverékek vagy véletlenszerűen tenyésztett kutyák. Általában csak azonos fajtával tenyésztik őket. Ez a korlátozott génállomány fokozhatja a kóros tulajdonságokat a kölykökben, mert nagy az esély, hogy mindkét szülő hordozza a mutált vagy recesszív géneket. Ezek a gének egészségügyi problémákat hordoznak, bár a pontos mechanizmus nem teljesen ismert.
Építészetből fakadó egészségügyi problémák
A legnyilvánvalóbb káros hatások az egészségügyi problémák, amelyek közvetlenül egy adott fajta tágult alakja miatt keletkeznek. Például a Cavalier King Charles Spaniel gyakran túl kicsi fejet fejleszt ki az agyához képest. A Mopsz, Pekeinéz, Boston Terrier és más lapos orrú (brachycephalus) kutyák légzési nehézségekkel küzdenek, mert az orruk és légutak túl kicsik. A Dackelek és a hosszú hátú, rövid lábú kutyák gerincproblémákkal küzdnek a hosszú gerincük miatt.
Genetikai eredetű betegségek
Sok betegség vagy súlyos állapot csak akkor jelentkezik, miután a tiszta fajtaúú kölyök otthonba került. Ezek a géneken keresztül öröklődnek. Az erős genetikai komponenssel rendelkező betegségek: epilepszia, progresszív retinális atrófia és csípődysplasia. Néhány ritkább, de nem halálos, mint a kék Dobermann-szindróma vagy színe mutáns alopecia, ahol a kék vagy őzbarna színezésű kutyák (Dobermann, olasz agár, ír setter) elveszítenek hajukat. Néhány tenyésztő megpróbálja eltávolítani ezeket a névű ivartalanítással. Például az Orthopedic Foundation for Animals egy nemzeti csoport, amely attestálja a kutyákat bizonyos öröklött állapotok (pl. csípődysplasia) mentesítésére.
Viselkedési problémák
A tiszta fajtákat gyakran konkrét funkcióra tenyésztették: tenyésztésre, állatok ültetésére vagy más kutyákkal való harcolásra. Ezek a tulajdonságok nem lettek kitenyésztve a generációk során. Ha egy kutyát harchozásra tenyésztek (bármely buldog fajta), akkor felügyelet szükséges más kutyák körül. A pásztor- és vadász kutyák egész nap mozgásra lettek tenyésztve, így sok mozgásra van szükségük, különben kártékony hajlamok fejlődhetnek. A pásztorkutyák különösen embereket vagy gyerekeket "öregbítenek" bosszús vagy fenyegető módon, mert ehhez lettek tenyésztve.