A madárkalitka tisztítása a kalitka szétszerelését, az összes felület megdörzsölését enyhé mosószerrel és meleg vízzel, alapos öblítést és teljes kiszárítást jelenti az újraszerelés előtt. Hasznos eszközök: kemény söprőkefe, gubó, törölköző.
A kalitkát legalább hetente egyszer tisztítani kell, több madárnál gyakrabban. Kemény kémikáliákat el kell kerülni, és a kalitkát teljesen szárazra kell hozni a madár visszatelepítése előtt.