A tudósok több hipotézist is felállítottak a megalodon, egy óriási őslény hajóhal kipusztulásának magyarázatára:
Klíma változás
Ahogy a bolygó lehűlt a pliocén és a pleisztocén korszakban, az óceán hőmérséklete csökkent. A megalodon kedvelt prédái, mint a bálenák és a fokok, melegebb vizek felé vándoroltak, ami esetleg elhagyta a megalodont megbízható ételforrás nélkül.
Verseny
Más nagy hajóhalak, beleértve a fehér hajóhalakat és a tigris hajóhalakat is, versenyezhettek a megalodonokkal az étel és az erőforrásokért.
Emberi vadászat
Néhány kutató úgy véli, a korai emberek bálena- és más tengeri emlős-vadászata csökkentette a megalodon ételkínálatát, és az emberek közvetlenül is vadászhattak megalodonokat.
Tényezők kombinációja
Legtöbb szakértő úgy véli, a klímaváltozás, a verseny és esetleg az emberi aktivitás keveréke vezette a megalodon kipusztulásához kb. 2,6 millió évvel ezelőtt.