A sivatagi bandikut populációja nehéz becsülni a rejtőzködő természete és a szikes, távoli élőhely felmérésének nehézségei miatt. A kutatások és védelmi erőfeszítések a következőket mutatják:
- Élőhely elvesztése és töredékenedése: A pusztafűves és homokos területek mezőgazdasági, urbanizációs és bányászati átalakítása súlyosan érinti a fajt.
- Korlátozott elterjedés: Főleg Nyugat-Ausztrália és az Északi Terület száraz részein fordul elő, ami sebezhetővé teszi a fenyegetésekkel szemben.
- Predáció és verseny: Vadmacskák és rókák vadásznak rájuk, míg nyulak és tevek versenyeznek az ételért és erőforrásokért.
- Védelmi programok: Védett területek, ragadozó kontrol, élőhely-visszaállítás és közösségi neveltetés folyamatban van.
A populációbecslések néhány százastól akár több ezerig terjednek a vizsgált területtől függően, de ezek nem feltétlenül tükrözik az egész elterjedési területet. A sivatagi bandikutot az IUCN "sebezhetőnek" minősíti.