A kormoránoknak több természeti ellensége van, köztük:
- Tengeri madarak: Gullák, sternák, szkuák zaklatják és vadásznak a kormoránokra, főleg a fiatalokra.
- Ragadozómadarak: Sasok, vércekel, vágók vadásznak a kormoránokra.
- Tengeri emlősök: Fókák, tengeri oroszlánok és orcak is vadásznak kormoránokra.
- Halak és gerinctelenek: Nagy halak és polipok betörhetnek a fészkbe, tojásokat és fiókákat ragadva.
- Emberek: Kormoránokat húsuk és tolluk miatt vadásznek a világ egyes részein.