A mocsári teknős (Glyptemys muhlenbergii) több veszély miatt van veszélyeztetve:
Élőhelyelvesztés és -degradáció: Mocsarak lefoltása, szennyezés és erdők szétesése eltünteti a speciális mocsarakat, fenyőmocsarakat és mártályokat, amikre szükségük van.
Egyéb fenyegetések: Klímaváltozás, ragadozás, versenyzés, illegális gyűjtés házicskere kereskedelmi célból, és útkus.
A mocsári teknősök kis populációkban élnek, limitált a szórázásuk, és lassan szaporodnak, így különösen sebezhetőek. A védelmi programok az élőhely visszaállítása, védelme, nevelés és fogótenyésztésre fókuszálnak.