A trágya szaga a szerves anyag bomlása során keletkező gázoktól származik. Ide tartoznak a kénhidrogén, metán, ammónia és a szervetlen-volatile vegyületek (VOC).
A kénhidrogén erős, csípős szagú, és oxigén-szegény körülmények között keletkezik. Az ammónia heves szagú, és az anyagnak nitrogén-gazdag részének bomlása közben szabadul fel. A VOC-k könnyen elpárologoznak és hozzájárulnak a jellegzetes szagokhoz.
A szag intenzitása a trágya fajtájától, a hőmérséklettől és a nedvességtől függ. Fehérje-gazdag étrend és meleg, nedves tárolás általában erősebb szagot eredményez. Bár a trágya szaga zavaró lehet, a trágya értékes műtrágya marad, ha megfelelően kezelik.