A pókmajmoknak kevés természeti ragadozója van méretük és ügyességük miatt, de nem mentesek a veszélyektől sem.
Jaguárok, harpia sasok és nagy boák vadásznak rájuk, különösen a fiatal vagy sérült egyedekre. Az emberek továbbra is jelentős fenyegetést jelentenek vadászatukkal és az élhelyek pusztításával.
Az egészséges felnőtt egyedek általában biztonságban vannak a legtöbb ragadozó elől.