A pagonyákat különböző ragadozók ölhetik meg, beleértve a cápákat, delfíneket és fókiákat. Emberi tevékenységek is ölhetik meg őket, mint a túlszegény halászat, szennyezés és élőhely-rombolás. Ezenkívül a pagonyákat különböző betegségek és paraziták is megölik.