A rágcsálók azonban nem az étrend fő része - A jaguárok általában csak rágcsálókat fognak enni, ha a nagyobb zsákmány ritka vagy nem érhető el. A jaguár által fogyasztott specifikus rágcsálófajok egy része:
* agoutis
* paca
* patkányok
* mókusok
* Capybaras (Bár ezek valójában a legnagyobb rágcsálófaj, és nagyobb zsákmánynak tekinthetők)
Fontos megjegyezni, hogy a Jaguar által fogyasztott fajta rágcsálók fajok függnek az élőhelyben a zsákmány helyétől és rendelkezésre állásától.