Az alpesi gyapjúspatkó az élőhely elvesztése és szegmentálódása miatt van veszélyben, az alpesi és subalpesi erdőkörnyezetben, amit az erdőirtás és az éghajlatváltozás hajt. Beoltott, nem őshonos ragadozók, mint a vadmacskák, kutyák és kinyók nyomása nehezedik a populációra. A betegségek gyorsan terjedhetnek a patkók között, és a vadászat bőrökért és húsért tovább csökkenti a számukat.