A tengeri krokodilok a saját ökoszisztémájuk csúcsragadozói, ami azt jelenti, hogy nagyon kevés természetes ellenségük van. Vannak azonban néhány kivétel:
- Nagyobb krokodilok: A nagyobb tengeri krokodilok alkalmanként predáznak a kisebb egyedekre, különösen a fiatalokra. Ez kannibalizmus.
- Nagy kígyók: Nagyon nagy kígyók, mint a hálózatos pithon, ismert, hogy megölnek és elfogyasztanak fiatal tengeri krokodilokat.
- Más csúcsragadozók: Ritkán előfordulhat, hogy cápák, különösen a nagy bovizsik, fiatal krokodilokat predáznak az uszkomedencekben.
Fontos megjegyezni, hogy ezek az esetek ritkáak. A tengeri krokodilok túlnyomó többsége természetes okoktól, mint betegségek vagy öregkor hal meg. Lehet emberi beavatkozás is, mint a szabályozott vadászat.