A császárpingvineket (Aptenodytes forsteri) az IUCN "közel a veszélyeztetettséghez" (NT) kategóriába sorolja. A populációk jelenleg stabilnak tűnnek, de több tényező járul hozzá a sebezhetőségükhöz:
Klímaváltozás: A csökkenő tengerjég megzavarhatja a szaporodási ciklusokat.
Túlfogás: A halfajták kimerülése hatással van az ételláncolatra.
Élőhelyelvesztés: A szennyezés, a partfejlesztés és az emberi aktivitás rombolja a fészkelőhelyeket.
Betegségek és ragadozás: Bevándorolt betegségek és növekvő ragadozói populációk további kockázatot jelentenek.
A természetvédelmi erőfeszítések, beleértve a antarktiszi ökoszisztémák védelmére szolgáló nemzetközi megállapodásokat és monitorozási programokat, létfontosságuk a hosszú távú túléléshez.