Több tényező is korlátozhatja a sejtalkatrészek láthatóságát mikroskopozás közben:
- Felbontási korlátok: Egyes szerkezetek túl kicsik ahhoz, hogy feloldódjanak.
- Mintakészítés: Fixálás, festés és vágás mesterséges Struktúrákat hozhat létre vagy megváltoztathatja az eredeti szerkezeteket.
- Festési technikák: Festetlen vagy gyengén festett összetevők láthatatlanok maradhatnak.
- Képalkotási korlátok: Megvilágítás, kontraszt és fókuszálás hatással van a kép minőségére.
- Mélységélesség: A fókusz síkján kívüli szerkezetek homályosak lesznek.
- Minta vastagsága: Fedő rétegek elhomályosíthatják a mélyebben fekvő szerkezeteket.
- Membrán áteresztőképesség: Egyes kompartmentek korlátozzák a festék bejutását.
- Sejtdinamika: Átmeneti összetevők nehezen rögzíthetők egy adott pillanatban.
Fejlett technikák, mint a konfokális, szuperfelbontású és elektronomikroszkópia javították a kis sejtalkatrészek megfigyelhetőségét.