Az IUCN (Nemzetközi Természetvédelmi Unió) becslése szerint a maláj tapír populációja 1400–4500 egyed között van. Ez a becslés korlátozott adatokon alapul, nem feltétlenül tükrözi a valós létszámot.
A maláj tapír veszélyeztetett (endangered) kategóriába tartozik élőhelyelvesztés, vadászás és lopakodás miatt.