Az ammonitek a kréta-paleogén kipusztulási esemény során hanyatlottak el, kb. 66 millió évvel ezelőtt. Ez a tömeghalál elpusztította a nem madár dinoszauruszokat és sok más életformát is.
A vezeté elmélkedés szerint egy aszteroida vagy kettő ütközött a mai Chicxulub, Mexikó közelében, hatalmas hőmennyiséget, port és gázokat bocsátva ki az atmoszférába. Az enyhítő globális klímaváltozás lehetetlenné tette a túlélést sok faj számára.
Az ammonitek a sok tengeri teremtmény között voltak, amelyek elpusztultak. Azonban a rokonaik, a Coleoidea túléltek és diverzifikálódtak a modern cefalopodákká: barmok, tintahalok, tintahal-félék.
A kipusztulás globális volt, tengeri és szárazföldi organizmusokat is érintett eltérő módon, de az ammonitek kipusztulása egy több száz millió évig virágzó ág végét jelentette.