Fizikai kipusztulás
A fosszíliák kipusztulhatnak erózió, gleciak, vulkani aktivitás, földrengések és az emberi építkezés (utak, épületek) által.
Kémiai kipusztulás
Kémiai folyamatok, mint a víz vagy savak általános oldása, oxidáció és hidrolízis kipusztíthatják a fosszíliákat.
Biológiai kipusztulás
Állatok ásása, gyökerek növekedése és mikroorganizmusok aktivitása károsíthatja vagy lebomlaszthatja a fosszíliákat.