1. Szülői tulajdonságok elvesztése: A hibridizáció gyakran vezet speciális szülői tulajdonságok elvesztéséhez. Mivel az utódok hibridek, előfordulhat, hogy nem mutatják meg az egyik szülő semmilyen kívánatos jellegzetességét sem.
2. Előre nem látható eredmények: A hibridizáció kimenetele bizonytalan lehet, mivel nehéz előre megmondani a pontos tulajdonság-kombinációt, amit az utódok örökölnek.
3. Potenciális beavatkozás-depresszió: A folytonos hibridizáció szorosan rokonszenves egyedek között beavatkozás-depresszióhoz vezethet, ami az életképesség, termékenység és más kívánatos tulajdonságok csökkenését jelenti.
4. Genetikai diverzitás csökkenése: A hibridizáció csűkítheti a populáció genetikai diverzitását, ezáltal sebezhetőbbé téve azt a környezeti változások és a betegségek járványai szempontjából.
5. Növekedett betegsérezkenység: A hibridizáció bevezethet új genetikai sebezhetőségeket, amelyek az utódokat fogékonyabbá tehetik a betegségekre és kártevőkre.
6. Környezeti függőség: A hibridek gyakran specifikus környezeti preferenciákat mutatnak, és nem teljesítenek jól változó feltételek alatt.
7. Nehézség az egységesség fenntartásában: A hibridek változékonyságot mutathatnak egymás között, ami nehézséget okoz az egységes populáció fenntartásában.
8. Korlátozott magtermelés: Egyes hibrid növények csökkent magtermelést produkálnak a szülőnövényekhez képest.
9. Magtulajdon és szellemi tulajdon jogi aggályai: A hibridizáció magtulajdon és szellemi tulajdonjogokkal kapcsolatos kérdéseket vethet fel.
10. Hibridekre támaszkodás túlfokozása: A hibrid fajok túlzott függősége elerodálhatja a hagyományos gazdálkodási gyakorlatokat, a helyi magfajtákat és a velük kapcsolatos tudást.