A repülőhalak számtalan ragadozóval szembesülnek mind a levegőben, mind a vízben:
- Madarak: Partikacsó és fregatamadarak eszik repülőhalakat, amelyek kivetítik magukat a vízből.
- Delfinek és fokák: Ezek az emlősök a vízfelszín közelében vadásznak repülőhalakra.
- Tonhal és kardhal: Ragadozó halak, amelyek az óceán felszínénél fogják a repülőhalakat.
- Cápák: Makócápa és kékcápa ismert repülőhal-vadász.
- Marlinok: Gyors úszók, amelyek hosszú farkukkal verik és fogják a repülőhalakat.
- Egyéb nagyobb halak: Bizonyos tonhal és dzsákhal fajok alkalmanként esznek repülőhalakat.
- Tintenek: Egyes tintafajok karjaikkal fogják a repülőhalakat.
A különböző repülőhal-fajoknak eltérő ragadozói lehetnek a specifikus élőhelyük és elterjedésük alapján.