A kiskapitányok nemes szaporodással szaporodnak. A párzási időszakban a himek élénk színeket fejlesztenek és udvarolnak a tojókhoz. A himek fészket építenek mély, homokos területeken. A tojók petéket tesznek a fészekbe, amit a him természten és őrzi. A peték 3–10 nap alatt kikelnek, és a him tovább őrzi a lárvát, amíg azok önállóan nem úsznak.