A refugium egy akvarium élőhely, ami vízt megoszt egy fő medencével, de elérhetetlen a fő medence állatai számára. Ez általában egy külön medence, ami ugyanahhoz a szűrő- és keringetési rendszerhez van csatlakoztatva. A refugiumban lévő állománynak (livestock) túlnyomó többsége mikrofauna.
Élő kövek és homok
A tengervizes refugium alapja az élőlő kövek és élőlő homok. Ezek számtalan mikroskopiai és majdnem mikroskopiai organizmust tartalmaznak, amelyek biológiai szűrést biztosítanak, és segítenek egy egyensúlyozott ökoszisztéma létrehozásában.
Csigák és féregék
Kis csigák és féregék algákra és más organizmusokra, valamint a refugiumban lévő detrituszra (hulladékra) táplálkoznak. A csigák és féregék szállítják és átalakítják a detrituszt, és stabilabbá teszik a refugium élőhelyét.
Rákfélék
Ha a refugiumot ételfajok tenyésztésére használja a halak számára, sok rákfajt választható. A sógarna (fairy shrimp, sea monkeys is névvel), kopepódok és izopódok nagy kedvvel evik meg sok fajta.
Tengeri csillagok (Echinoderms)
Vannak nagyon kicsi tengeri csillagfajok, amelyek jól érzik magukat a refugiumban. A refugium jó hely a érzékeny organizmusok, mint a törékeny csillagok (brittle stars) és tengeri uborkák (sea cucumbers) tartására, nagy, agresszív halaktól, akik megevnék őket.
Növények
Édesvizes rendszerben a refugiumot növekvő növények védelmére használhatják a halaktól. Mint a tengervizesnél, ez a refugium kisebb, érzékenyebb állatok, mint a kikelők, védelmére is szolgálhat nagy, éhes halaktól.
Karantén
A refugium biztosíthat egy biztonságos, ideiglenes menedéket a beteğ vagy sérült állatoknak a fő akvariumból.