A Megalodon nem „alakult” abban az értelemben, hogy mesterségesen hozták létre. Ez egy természetes fejlődésű cápafaj volt, amely a maga idejében fejlődött és virágzott. Mint minden más faj, a Megalodon léte és jellemzői a természetes kiválasztódás és a környezetéhez való alkalmazkodás folyamatai révén alakultak ki évmilliók során.
A Megalodon az Otodus nemzetségen belüli kisebb ősökből fejlődött ki. Idővel az ebbe a vonalba tartozó fajok előnyös genetikai mutációkat tapasztaltak, amelyek lehetővé tették számukra, hogy nagyobbra nőjenek, és erősebb állkapcsot és fogat fejlesszenek ki, ami a Megalodon megjelenését eredményezte. A bőséges zsákmány elérhetősége és a környezeti feltételek a miocén és a pliocén korszakban szintén hozzájárultak a Megalodon sikeréhez és dominanciájához az ökoszisztémában.