Ha a megalodon még élne, jelenléte jelentősen megváltoztatná a tengerbiológiai ökoszisztémákat. Mint csúcsragadozó, megzavarná az élelmiszerláncokat, potenciálisan versennyelne vagy predálna a kászákra és fehér cápákra. A bálnák, fókák és más nagy tengerállatok populációi csökkenhetnék, hatva a tápanyag-körforgást és a biodiverzitást. Néhány faj megváltoztathatná a viselkedését és elterjedését a predáció elkerülése érdekében. A megalodon hatással lehetne az ökoturizmusra, a kereskedelmi halászatra és a partbiztonságra. A tudósok valószínűleg intenzíven tanulmányoznák a biológiáját és az ökológiai szerepét. Ezek hipotetikus forgatókönyvek, mivel nincs bizonyíték a megalodonok mai létezésére.