1. Bélek: A szalmonella elsősorban a gyomor-bél traktusban telepszik meg és szaporodik, különösen a belekben. A baktériumok gyorsan szaporodhatnak a vékonybélben, gyulladást és kapcsolódó tüneteket, például hasmenést, hasi fájdalmat, lázat és hányingert okozva.
2. Mezenterialis nyirokcsomók: A szervezet immunválaszának részeként a szalmonella behatolhat a belek közelében található mesenterialis nyirokcsomókba. Ezekben a nyirokcsomókban a baktériumok elszaporodhatnak és gyulladást okozhatnak.
3. Máj és lép: Súlyos esetekben, különösen invazív, nem tífuszos Salmonella (iNTS) esetén, a baktériumok a véráramon keresztül terjedhetnek, és elérhetik a májat és a lépet. Itt a Salmonella szaporodhat a máj szöveteiben és Kupffer-sejtjeiben, valamint a lép makrofágjaiban.
4. Epehólyag: Azoknál az egyéneknél, akiknek alapbetegségei vannak, például epekő vagy epeúti rendellenességek, a Salmonella megtelepedhet az epehólyagban, és elszaporodhat az epében. Ez epehólyag-gyulladáshoz (kolecisztitisz) vezethet.
5. Egyéb webhelyek: Ritka esetekben disszeminált betegség fordulhat elő, amely lehetővé teszi a Salmonella átterjedését a gyomor-bél traktuson kívül más szervekre és szövetekre, például a véráramba (bakteremia), a csontokra, az ízületekre, az agyhártyára és a szívbillentyűkre. Ezután ezeken a fertőzött helyeken szaporodás következhet be.