Nehéz csak két veszélyeztetett faj nevezni az esztuárium biomban, mert az esztuáriumok hihetetlenül diverzsek, a veszélyeztetett fajok helytől függenek, és a státusz változik.
Helyette íme példák a gyakori veszélyeztetett csoportokra az esztuáriumokban:
Halak: Egyes losos, keszeg, cápa fajok.
Madarak: Tengeri madarak, partimadarak, vadászkís madarak, mint a kaliforniai kis kergülő vagy a sósvidéki vörösborostyán.
Emlősök: Tengeri emlősök, mint a nyugati indiai manáti és néhány tengeri vidra.
Gerinc nélküliek: Egyes rákok, garnélák, kagylók kockázatban élőhely-elveszés és szennyezés miatt.
Egy konkrét esztuárium konkrét veszélyeztetett fajairól a helyi természetvédelmi szervezeteknél (NOAA, WWF) vagy adatbázisokban (IUCN Vörös Lista, US Fish and Wildlife Service) tájékozódhat.
Az esztuáriumok minden fajának védelme kulcsfontosságú ezek értékes ökoszisztémák egészségének fenntartásához.