A Nilusi krokodilok széles körű édesvízű élőhelyeket foglalnak el, beleértve a folyók, tavak, mocsarak és lápok. Mély vizeket preferálnak sűrű növényzettel, ami takarást ad a vadászathoz és a védelemhez. A brakvizes élőhelyekben is megtalálhatók, mint a folyók kinyílásai és a partlagunak.