A gavialis krokodilok kipusztulása több ökológiai hatást váltana ki az általa elfoglalt élőhelyekben:
Halpopuláció-változások: Csúcsragadozóként a gavialisok halakat esznek, különösen az érdekeseket vagy öregeket, segítve az egészséges halállományt. Nélkülük a halpopuláció dinamikája megváltozhat.
Ragadozók hatása: A gavialis holtak a rigók és más szuporok táplálékai. Hiányuk megzavarná a tápanyag-keringést és a ragadozó populációkat.
Mocsár élőhelyek megváltoztatása: A gavialis gödrei és fészkelési helyei fizikai összetettséget adnak a mocsaraknak, menedéket és szaporodási helyet biztosítva más fajoknak.
Biodiverzitás elvesztése: Egy egyedi faj elvesztése csökkenti a genetikai változatosságot és az ökoszisztémákat sebezhetőbbé teszi a változás és betegségek szempontjából.
Ökológiai egyensúlytalanság: Egy csúcsragadozó eltávolítása megzavarja a fajkapcsolatokat, potenciálisan prédapopuláció-robbantást vagy más ragadozók közötti versenyt okozva.
Kulturális és gazdasági hatások: Azok a helyi közösségek, amelyek a gavialisokra támaszkodnak a turizmushoz vagy a hagyományos gyakorlatokhoz, kulturális és gazdasági veszteségeket érhetnének.
A természetti védelem elengedhetetlen az ősi ragadozók megőrzéséhez és a mocsár ökoszisztéma stabilitásának fenntartásához.