A galapagos-pingvinök kizárólag a Galapagos-szigeteken találhatók, kb. 1000 kilométerre Nyugat-Ecuador-tól a Csendes-óceánban. A partmentes területeket és sziklaos partokat lakják, különösen az Isabela, Fernandina, Floreana és Santiago-szigeteken.
Mélyvizeket és védett öböket preferálnak enyhe lejtővel, ahol könnyen elérhetik az ételt és fészkelhetnek. A helyi klíma változik az óceáni áramlatokkal, de ezek a pingvinök jól alkalmazkodtak a szigetek egyedi viszonyaihoz.