A prokarioták hihetetlenül alkalmazkodóképesek, és széles körű környezetben élnek. Megtalálhatók a Föld minden fő élhelyén, a legmélyebb óceánoktól a legmagasabb hegyekig, a legmelegebb sivatagoktól a leghidegebb sarkvidékekig. Néhány 극限環境hez alkalmazkodott, mint savas termálforrások, mélytengeri hydrotermális kútak, hyperszáraz tók.
Konkrét környezetek:
Talaj: A prokarioták hajtják a tápanyag-körforgást és a bomlást.
Víz: Óceánok, tavak, folyók, tavak, különösen a napfényes felületi rétegekben.
Levegő: Porrészecskékben, sőt a felső atmoszférában is jelen vannak.
Különleges környezetek: Termálforrások, sárkjég, más extrém feltételek.
Más organizmusok belsejében: Sok szimbiontként él állatokban, növényekben, mikroorganizmusokban.
A prokarioták mindenütt jelen vannak és elengedhetetlenek az ökoszisztéma működéséhez.