Nehéz megmondani, mi eszi a vékony szúnyog-anguillát, mivel kevés kutatás létezik a ragadozóikról. Mélytengeri élőhelyük és méretük alapján a potenciális ragadozók a következők:
* Nagyobb halak: Tőkehal, hékhal, gruperhalak.
* Cápák: Mélytengeri cápák, mint a sakácscápa vagy az alvócápa.
* Tintenmachók és káposztapolgárok: Lehetőségválogató mélytengeri ragadozók.
A sebezhetőséget tényezők, mint az anguilla mérete, viselkedése és helyzete befolyásolja. További kutatásra van szükség a tisztább képhez.