A helyes akvárium szűrőrendszer kiválasztása olyan fontos, mint a megfelelő medence méret és a helyes halegyensúly. Egy jó szűrő segít létrehozni egy funkcionális környezetet, ahol az állatok virágoznak. Egy rossz szűrő betegséget okozhat a halaknál, több karbantartást igényel, és gyengíti az akvárium ökoszisztémáját. Vannak több típusú gyakori medence szűrők, és mindegyiknek megvannak a erősségei és gyengeségei.
Sarok Doboz Szűrők (Corner Box Filters)
Ez az akvárium szűrő típus az egyik sarokba illeszkedik, közvetlenül a medence kavicsjára. A sarok doboz szűrők levegő szivattyút használnak, ami levegőt szív a doboz aljába, áthalad a szűrőn, és kilép a tetején. Ez a levegő vonzza magával a vizet, lehetővé téve a medence keringését. A sarok dobozok végzik az összes három fő szűrési típust: mechanikai, kémiai és biológiai, de az alacsony áramlási ráta korlátozza a hatékonyságot. Rendszeres tisztításra van szükségük a megfelelő működéshez.
Gubacs Szűrők (Sponge Filters)
A gubacs akvárium szűrők U-alakú csövet használnak a víz behúzására egy gubacson keresztül. A gubacs nagy felülete segíti a mechanikai szűrést és otthont ad a baktériumoknak a biológiai szűréshez. A gubacs szűrők olcsók és egyszerűen karbantarthatók: egyszerűen megmosja a gubacsot akvárium vízben hetente egyszer. Ez a szűrő típusa korlátozott hatékonyságú, és legjobban kis medencékhez és szaporítási medencékhez illik, ahol nem fogja el és nem sérti a lárvákat (fry).
Alváz Alatti Szűrők (Under-gravel Filters)
Az alváz alatti szűrök lyukasztott lemezt és felhajtó csöveket használnak a víz szűrésére. Egy levegő kő (air stone) vagy erőfej (power head) vonzza a vizet a kavics alvázon keresztül a csövekbe. Az alváz mechanikai szűrést biztosít, valamint otthont a hasznos baktériumoknak. Néhány modell aktiv szént tartalmaz kémiai szűréshez. Az alváz alatti szűrő minimális karbantartást igényel: csak rendszeresen tisztítsa a kavicsot. Ezek a szűrők nem biztosítanak rendkívül hatékony szűrést, ami korlátozza a halak számát medenceként.
Erős Szűrők (Power Filters)
A HOB (hang-on-back) vagy hátrafelé lógó szűrőkként is ismert erőszűrők (power filters) kínálják az összes három szűrési típust és könnyű karbantartást. Önálló egységek, amelyek tartalmazzák a szivattyút és a szűrő patronat. A víz az erőszűrőben először egy gumi-szerű anyagán halad át, ami a baktériumok otthona a biológiai szűréshez, majd egy aktiv szén patronon keresztül. Az erőszűrők könnyen eldugulhatnak, és rendszeresen ki kell öblíteni. Nem alkalmasak beültetett akváriumokhoz, de mérsékelten olcsók.
Kanisztros Szűrők (Canister Filters)
A kanisztros szűrő (canister filter) egy külső akvárium szűrő típus, amit általában a medence alá helyeznek. Önálló egységként vagy moduláris szűrőként vásárolhatók. Magas minőségű szűrést nyújtanak, és képesek az összes három szűrési típus végzésére. A biológiai szűrés némileg korlátozott a szűrő belsejében lévő oxigén szint miatt. Ezek a szűrők mérsékelten drágák és rendszeres karbantartást igényelnek.
Nedv/Száraz Szűrők (Wet/Dry Filters)
A nedv/száraz szűrők (wet/dry filters) a medence alatt helyezkednek el, és két dobozból állnak: az egyik a vízben, a másik a medence kívül. Egy U-cső kapcsolja őket, ami a víz szivattyúzza a dobozok között. A nedv/száraz szűrők gubacst használnak mechanikai szűréshez, és speciális adagolási anyagot (media) kémiai és biológiai szűréshez. A legmagasabb minőségű szűrést nyújtanak, de sokkal drágábbak is.