A sárgaroktollú tukánok számos fenyegetéssel szembesülnek a túlélésük szempontjából, az emberi tevékenységektől a természetes ragadozókig. Az élőhelypusztítás, a vadászat és a illegális kedvenczivkereskedelem mind nyomást gyakorol a vad populációkra.
Az esőerdőben a természetes ellenségek között szerepelnek a kígyók, ocelotok, margayok, egyéb kis macskafélék, kinkajuk, coatiek, és ragadozómadarak, mint sasok és bagolyok. Az élőhelyvédelemre fókuszáló védelmi programok elengedhetetlenek ezeknek a színes madaraknak a megmentéséhez.