A Hashimoto-féle pajzsmirigygyulladás gyakran összefüggésbe hozható az immunglobulinok, különösen az anti-tireoglobulin és a pajzsmirigy-peroxidáz elleni antitestek emelkedett szintjével. Ezek az antitestek a pajzsmirigyet alkotó fehérjék ellen irányulnak. Emelkedettségük a pajzsmirigy elleni autoimmun válaszreakciót jelez, ami krónikus gyulladást, a Hashimoto-féle pajzsmirigygyulladást eredményez.