A jaguarok dzsunglében, erdőkben, erdősíkságokon és szavannákban élnek Közép- és Dél-Amerikában, beleértve az Amazônia esőerdőt, a Pantanal lapályait, a Gran Chacót, az Andek felhőerdeit és a brazíliai partvidéki mangróveket. Sűrű növényzetet preferálnak, ami takarót biztosít a lesvadászathoz. Minden jaguar terepe 25–100 négyzetkilométernyi lehet.
Az élőhely elvesztése az erdőirtás, mezőgazdaság és emberi települések miatt a legnagyobb fenyegetés a jaguarokra. A természeti védelmi erőfeszítések a védett területek, a fenntartható földhasználat és a közösségi oktatás felé irányulnak.