A jaguarok illegális vadásza a bőrökért és testrészekért, amelyek értékesek a fekete piacon, valamint az élőhely elvesztése és szegmentálódása az erdőirtás, mezőgazdaság, infrastruktúra és városi növekedés miatt csökkenti a jaguarok vándorlásához szükséges teret, és megzavarja a szaporodási és táplálkozási mintázatokat. Az ember-vad konfliktus is szerepet játszik, mivel a jaguarok, ha háziállatokat vadásznak, a gazdák megölhetik őket. Az éghajlatváltozás megváltoztatja az élőhelyeket és a prédaelérhetőséget, míg a viszonylag alacsony genetikai diverzitás sebezhetőbbé teszi a jaguarokat a betegek és az környezeti változások szemben.