Az élőhelyek elvesztése és töredezettsége :A jaguároknak kiterjedt területekre és változatos élőhelyekre van szükségük a túléléshez. Sajnos természetes élőhelyeik gyorsan elvesznek és felaprózódnak az erdőirtás, a mezőgazdaság terjeszkedése, az infrastruktúra fejlesztése és a városok növekedése miatt. Ez nemcsak csökkenti a jaguárok barangoláshoz rendelkezésre álló terét, hanem megzavarja szaporodási, táplálkozási és vándorlási mintáikat is.
Ember-vadvilág konfliktus :Ahogy az emberi települések jaguár élőhelyekké terjeszkednek, konfliktusok alakulnak ki, amikor a jaguárok jószágokat zsákmányolnak. Ez a gazdálkodók és állattenyésztők megtorlásához vezethet, ami a jaguárok megöléséhez vezethet. Ezenkívül a jaguárokat megölhetik, ha vélt fenyegetést jelentenek az emberi biztonságra, vagy zavarónak tekintik őket.
Klímaváltozás :Az éghajlatváltozás hatásai, mint például a megváltozott csapadékmintázatok, a hőmérséklet emelkedése és a szélsőséges időjárási események gyakoribb előfordulása, hatással vannak a jaguár élőhelyekre és a zsákmánypopulációkra. Ezek a változások megzavarják az ökoszisztémát, és megnehezítik a jaguárok túlélését és sikeres szaporodását.
Korlátozott genetikai sokféleség :A jaguárok viszonylag alacsony genetikai diverzitásúak a többi nagymacskafajhoz képest. Ez sebezhetőbbé teszi őket az élőhelyek elvesztésével, a vadászattal és más olyan tényezőkkel szemben, amelyek megzavarhatják populációikat. Az alacsony genetikai diverzitás csökkentheti a faj környezeti változásokhoz való alkalmazkodási képességét, és növelheti a beltenyésztés kockázatát.