Az evolúció elmélete súlyos hatással volt a fajok osztályozásának módjára. Az evolúciós elmélet megjelenése előtt a fajokat fizikai hasonlóságuk alapján besorolták, az evolúciós kapcsolataik kevés tekintetében. Az evolúciós elmélet azonban bevezette a közös származás fogalmát, amely kimondja, hogy minden élő organizmus a közös ősökből származik. Ez a filogenetikai osztályozás kialakulásához vezetett, amely inkább evolúciós kapcsolataik alapján csoportosítja a fajokat, nem pedig a fizikai hasonlóságokat.