A shetlandi juhászok általában egészséges fajták, de hajlamosak bizonyos öröklött állapotokra, beleértve a Collie Eye Anomáliát, a Progresszív Retinális Atrófiát, a csípő- és könyökízületi dysplasiát, az IVDD-t, az epilepsziát és a hypothyreoidizmust.
Egyéb aggodalomkeltő tényezők: allergiák, bőrproblémák, túlsúly és fogproblémák. Rendszeres állorvosi ellenőrzések, felelős tenyésztés és megelőző gondoskodás elengedhetetlen hosszú, egészséges élethez.