A szennyezés komoly fenyegetést jelent a manatékra és az ő élőhelyeikre többféle módon:
Vízszennyezés: Ipari hulladék, mezőgazdasági szivárgás és szennyvíz kontaminálja a melege, sekély vizeket, ahol a manatékok élnek. A manatékok bezselhetnek szennyező anyagokat étkezés vagy úszás közben, ami mérgezésre, betegségekre, immunrendszer-károsodásra és szaporodási problémákra vezethet.
Élőhely rombolás: A partfejlesztés elpusztíthatja az esztuáriumokat, a szennyezés pedig elpusztíthatja a tengeri fű ágyait, ami létfontosságú ételforrás.
Éghajlatváltozás: Az emelkedő tengerszint eláraszthatja az élőhelyeket, az óceán elsavanyodása növelheti a betegségérezkenységet.
A szennyezés csökkentése elengedhetetlen ezen veszélyeztetett állatok védelméhez.