A szennyvíz a vízi állatokat többféle módon károsíthatja:
- Eutrofizáció: A szennyvíz nagy mennyiségű tápanyagot tartalmaz (nitrogén, foszfor), ami túlzott algazaporodást okoz. Ez kimeríti a víz oxigénjét, megnehezítve a vízi organizmusok légzését.
- Mérgező kémikáliák: A szennyvíz nehézfémeket, rovarirtókat, gyógyszereket tartalmazhat, amik megmérgezik a vízi organizmusokat, károsítják a szöveteket, és a reprodukciót zavarják.
- Patogénok: A szennyvíz baktériumokat és vírusokat tartalmaz, amik betegségeket okozhatnak a vízi organizmusoknál, gyorsan terjedve a populációban.
- Élőhely pusztítása: A szennyvíz károsíthatja vagy megsemmisítheti a vízi élőhelyeket, mint a korallzátonyok és a tengeri fűvek, amik sok faj számára elengedhetetlenek.
A szennyvíz káros hatásai közvetve is hatással lehetnek az egész vízi ökoszisztémára, pl. élelemelérhetőség csökkentése, ragadozó-preda egyensúly megdolgozása. A megfelelő szennyvíz-kezelés és -gazdálkodás elengedhetetlen a vízi állatok és az egész ökoszisztéma védelme érdekében.