A gyümölcsdeneverek párzási ideje a fajtoktól és a földrajzi helytől függően változik. Például Indiában az indiai nagy denevér (Pteropus giganteus) március–május között párzik, míg a rövidebb orrú gyümölcsdenevér (Cynopterus sphinx) augusztus–november között.
Általában a gyümölcsdeneverek poliginiakat mutatnak: a hímek több tojóval párosodnak. A tojók jellemzően egyetlen fiókát szülnek, miután a terhesség néhány hónapig tart. Az újszülött fiókák zárt szemmel születnek, és teljesen a anyjukra támaszkodnak ételért és gondoskodásért. Néhány hónapon belül megtanulnak repülni és עצמאית keresni az ételt, kb. egy éves korukkor érik el a szexuális érettságot.
Néhány faj, mint a szalmás színezetű gyümölcsdenevér (Eidolon helvum), szinkronizált párzást mutat: nagy számú tojó szül egyidőben. Ezt úgy vélik, hogy ez egy adaptáció, ami csökkenti a terhes tojóknak és a fiatal fiókáknak a ragadozás kockázatát.