Az intenzív állattenyésztés több hátránnyal is járhat:
1. Etikai aggályok: Szűk, túlsűrűsített viszonyok állatjóléti problémákat vetnek fel, negatív közvéleményt és szabályozást vonva maguk után.
2. Magasabb költségek: Jelentős beruházás az infrastruktúrába, technológiába és állatorvosi ellátásba.
3. Betegség kockázatok: Közeli tárolás növeli a járvány kockázatát és a fertőzés terjedését.
4. Környezeti hatás: Vízszennyezés, szag, üvegházgáz-kibocsátás közösségi konfliktusokat és szabályozási nyomást kelthet.
5. Fogyasztói percepció: Etikai és környezeti aggályok csökkenthetik a keresletet.
6. Piaci verseny: Telítettség árcsökkenést és a differenciálódás nehézségeit okozhat.
7. Munkaerő és menedzsment igények: Képzett munkaerő nehezen megtalálható és tartó; a megfelelő menedzsment kulcsfontosságú.
8. Technológia-függőség: Környezetvezérlés és hulladékrendszerekre támaszkodás növeli a működési kockázatot.
9. Korlátozott genetikai változatosság: Speciális fajták csökkentik a géntartalékot, növelve a betegségérezkenységet.
10. Hulladékgazdálkodás: Nagy mennyiségű hulladék kezelése költséges és nehéz megfelelően.