Igen, a Black Doom túléli a Shadow the Hedgehog eseményeit.
A játék végén a Black Doom legyőzve a Fekete Kométa ba kerül, ami aztán megsemmisül. Ezen átszelelő vég ellenére később kiderül, hogy a Black Doom túlélte, és bosszút sülyög a Shadow és a világ ellen.
A Black Doom a Sonic the Hedgehog (2006) fő antagonista-ként tér vissza, ahol az emberi világ invázióját vezeti, és a Chaos Emeraldok segítségével az Eclipse Cannon-t próbálja aktiválni. Shadow és szövetségesei megállítják a fegyvert, de a Black Doom újra elmenekül.
Végső sorsa ismeretlen. Sokan hiszik, elpusztult a Fekete Kométa megsemmisülésével, de túlélhetett, és jövőbeli részben visszatérhet.