A brákiopodák nem állnak közelbarátsági viszonyban egyetlen modern állattal sem. Egy különálló, tengeri gerinctelenek törzsét alkotják. Legközelebbi rokonaik a foronidák és a moharák, amelyek bizonyos morfológiai és evolúciós jellegzetességeket megosztanak velük, de külön csoportokként maradnak.