A gubacsbálna vándorlás hossza a populációtól és a célállomástól függően változik. Általában a gubacsbálnák a nyári etetőhelyeket a hidegebb, magasabb szélességi fokokban keresik, a téli párosodási helyeket pedig a melegebb, trópusbeli vizekben.
Ezek az utazások akár 16 000 kilométert (10 000 mérföldet) is elfedhetnek, és több hónapig is eltarthatnak. A vándorlás során a gubacsbálnák általában specifikus útvonalakat követnek, gyakran a partvonalak mentén vagy mélyvíz csatornákban.