A törpe pygmy góbik húsévő halak, akiknek étrendje főleg kicsi vízi állatokból áll. Fő ételforrásai a kopepodák, amfipodák és más kis rakodók.
Esznek rovart larvát, féregéket és nagyon kis halakat is. Lehet, hogy alkalmanként algákat vagy más növényi anyagot is fogyasztanak, de az állati zsákmány constitutes the bulk of their diet.