Míg a barna szem a leggyakoribb szemszín a német pásztorok számára, ők is:
* Amber Eyes: Meleg, vörösesbarna szín.
* Kék szemek: Kevésbé gyakori, de lehetséges.
* heterochromia: Két különböző színű szeme van. Ez ritka, de előfordulhat a német pásztorokban.
A német pásztor szemének színét az íriszben jelen lévő melanin mennyisége határozza meg. Minél több melanin, annál sötétebb a szem.