A San Francisco-öböl vidéke sok őshonos állat otthona:
Emlősök
* Kaliforniai tengeri oroszlán, szürke bálna, kikopó fóka, kaliforniai földimókus, feketefarokú szarvas, kojot, hegyi oroszlán, bobar, borz, nyugati szürke mókus.
Madarak
* Kaliforniai kavics, barna gőz, nagy kék gőz, arany sas, vándorsólyom, kaliforniai fogyó, Anna kolibri, vörösfarokú héja.
Hüllők és kétéltűek
* Nyugati kerítés gyík, kaliforniai vörös lábú béka, fászalamandra, nyugati mocsári teknős.
Halak
* Csíkos bárányhal, csinuk losos, cohó losos, acélszárnyú pisztráng.
Gerinctelenek
* Monarchia lepke, katicabogár, méh, nyugati tigris lepke.
Az öböl vidéke változatos élőhelyei vadonvédelmi menedékkévé teszik.